• 分子生物化学研究室

清水  光弘

 

専門分野

分子生物学,生化学

 

主な研究テーマ

ゲノムの基盤構造体ヌクレオソームの構造と機能

 

経歴

東京薬科大学 薬学博士

アラバマ大学(米国) 医歯学部 博士研究員,1987 – 1989

米国国立保健研究所(NIH,NIDDK) 博士研究員,1989 – 1990

東京薬科大学 薬学部 助手,1990 – 1998

本学 理工学部,1998 – 現在

 

研究の概要

ヒトをはじめとする真核生物において,ゲノムは 「DNA→クロマチン→染色体」といった階層的な構造を形成して細胞核内に収納されています。クロマチン・ 染色体の基本単位はヌクレオソームと呼ばれ,ヒストン8量体にDNAが巻き付いた複合体であります。私の研究室では,出芽酵母をモデル生物として,遺伝学・分子生物学・生化学的手法に加え,次世代シーケンサーを用いて,ヌクレオソームの構造と機能をゲノムワイドで研究しています。本研究の成果は,ゲノム機能発現やエピジェネティクスの機構の解明に貢献することが期待されます。

 

 

主な原著論文

1. Katsumata, K., Ichikawa, Y., Fuse, T., Kurumizaka, H., Yanagida, A., Urano, T., Kato, H., Shimizu, M. Sequence-dependent nucleosome formation in trinucleotide repeats evaluated by in vivo chemical mapping. Biochem. Biophys. Res. Comm. 556, 179-184 (2021).

2. Fuse, T., Yanagida, A., Shimizu, M. The Yeast Minichromosome System Consisting of Highly Positioned Nucleosomes in Vivo. Biol. Pharm. Bull. 42, 289-294 (2019).

3. Fuse, T., Katsumata, K., Morohoshi, K., Mukai, Y., Ichikawa, Y., Kurumizaka, H., Yanagida, A., Urano, T., Kato, H., Shimizu, M. Parallel mapping with site-directed hydroxyl radicals and micrococcal nuclease reveals structural features of positioned nucleosomes in vivo. PLoS One 12, e0186974 (2017).

4. Ichikawa, Y., Morohashi, N., Tomita, N., Mitchell, A. P., Kurumizaka, H., Shimizu, M. Sequence-directed nucleosome-depletion is sufficient to activate transcription from a yeast core promoter in vivo. Biochem. Biophys. Res. Comm. 476, 57-62 (2016).

5. Ichikawa, Y., Morohashi, N., Nishimura, Y., Kurumizaka, H., Shimizu, M. Telomeric repeats act as nucleosome-disfavouring sequences in vivo. Nucleic Acids Res. 42, 1541-1552 (2014).